Fu prelevata dal tempietto il 23 marzo 1944 e ricollocata il 19 dicembre 1945.
Durante la seconda guerra mondiale la cassetta fu nuovamente nascosta per evitare che i bombardamenti la distruggessero.
Durante questo periodo rimase sepolta a pochi metri di distanza dal mausoleo sotto un tumulo coperto da vegetazione, oggi contrassegnato da una lapide.
I frati francescani, non volendo rinunciare al piacere di avere vicine le spoglie di Dante,
avevano praticato un foro nel muro posteriore e nel sarcofago, prelevando le ossa e nascondendole al sicuro.